目录
一、合作定位 Partnership Positioning
我方定位为多组学 AI 数据分析合作伙伴 + 转化生物信息学支撑方，聚焦规模化、可审计、可复现的组学分析，嵌入 GHMICR 已有课题与临床转化链条。
对方团队画像
- 体量：60 余人科研队伍，近 7000㎡ 实验场地，设备总值超 2 亿元；承担 180 余项课题、总经费超 2.4 亿元（GHMICR 官网，2025年5月更新）
- 平台：分子生物学、显微成像、电生理、行为学等完整实验链条；近五年发表于 Cell、Neuron、Nature Medicine、PNAS 等
- 方向：视觉损伤修复、脊髓损伤修复、非药物干预（运动/光疗）、干细胞/基因治疗、大动物灵长类模型
- 转化：CNTF-壳聚糖临床由首都医科大学李晓光团队 + 北京同仁医院王宁利团队牵头，苏院士为共同通讯作者及科学引领者；临床站点拟在北京、温州
我方核心能力
- AI 生信 Agent 自动化分析（单细胞 / 转录组 / 蛋白组）
- 端到端 Pipeline 可重复性验收（BioMysteryBench 等基准）
- 临床前—临床过渡期的转化生物信息学与探索性生物标志物挖掘
- 干湿闭环：测序质谱数据 + AI 解读一体化交付
二、机会矩阵 Opportunity Matrix
评分 1–5（5=最优）。综合分 = 科学契合×0.35 + 落地可行性×0.35 + 商业/成果闭环×0.30
| 机会方向 | 科学契合 | 可行性 | 成果闭环 | 综合 | 定级 |
|---|---|---|---|---|---|
| WP-A RGC/视神经损伤 sc/snRNA-seq + 轨迹分析 | 5 | 5 | 4 | 4.7 | Tier 1 · 首选切入 |
| WP-B LbGP 抑郁/神经保护多组学机制延伸 | 5 | 4 | 4 | 4.3 | Tier 1 · 并行推进 |
| WP-C CNTF-壳聚糖 转化生物信息学 | 5 | 3 | 5 | 4.1 | Tier 2 · 需临床方引入 |
| 脊髓损伤转录组/空间组学 AI 分析 | 4 | 4 | 3 | 3.7 | Tier 2 · Phase 2 |
| 研究院 Bio-Agent 分析节点（180+ 课题） | 3 | 4 | 4 | 3.7 | Tier 2 · 平台化 |
三、三阶段执行路线图 Roadmap 0–18 Months
Phase 0 · 接洽与课题设计（第 0–2 月）
W1–2
完成内部技术方案与数据合规审查；准备 2 页合作摘要（中英）+ 分析 Pipeline 样例报告（可用公开数据演示）
W3–4
联系 GHMICR 科研办（020-85223563），争取与视觉系统损伤修复方向 PI 或院长办公室学术秘书会面
W5–8
联合申报中枢神经再生教育部重点实验室开放课题（鼓励外单位第一申请人 + 院内联合）；同步洽谈横向技术服务
退出标准：8 周内无法建立正式学术对接人 → 转向宁夏枸杞院士工作站或首医李晓光团队间接合作路径
Phase 1 · 试点交付（第 2–8 月）
目标：完成 1–2 个可发表级分析交付，建立信任与署名机制。
M2–4
WP-A 启动：接收 1 批视神经损伤/再生动物模型 scRNA-seq 或 bulk RNA-seq（预估 6–24 样本），交付细胞亚群图谱 + 再生相关 RGC 亚型注释 + 配体-受体网络
M3–6
WP-B 启动：LbGP 干预前后转录组/细胞因子谱整合分析，聚焦 IL-17A 网络与外侧缰核（LHb）通路假设验证
M6–8
投稿 1 篇共同作者论文（目标期刊：NRR、Journal of Neuroinflammation 或领域 Q1）；完成结题报告
KPI：分析周期 ≤30 天/批次；BioMysteryBench 类可重复性自检通过；客户满意度签字确认
Phase 2 · 深化与临床桥接（第 8–18 月）
M8–12
WP-C 预研：整合大鼠 STTT 公开结论 + 灵长类验证数据（如可获取），构建跨物种「再生相关基因模块」清单，供 CNTF 临床方案生物标志物章节引用
M10–14
部署GHMICR Bio-Agent 分析节点（私有化/一体机），覆盖视觉+脊髓两个团队常规组学流程
M14–18
临床合作通道打通后：参与 I 期临床探索性终点分析（OCT/VEP/炎症因子），产出技术报告
KPI：第二篇论文或专利 1 项；横向合同续约或金额升级 ≥50%
四、核心工作包 Work Packages
WP-A · 视神经损伤后 RGC 再生微环境单细胞解析
科学问题：CNTF、外周神经移植、材料干预后，哪些 RGC 亚群（如 trkA+/trkB+）具有再生潜能？微环境细胞（小胶质/星形胶质/少突）如何重塑？
技术路线：
- 质控：Cell Ranger / STARsolo + 双细胞过滤（Scrublet/DoubletFinder）
- 注释：参考 GSE 公开视网膜图谱 + 团队自有 marker（RBPMS、POU4F1 等）
- 轨迹：Monocle3 / scVelo 推断损伤→再生伪时序
- 细胞通讯：CellChat/NicheNet 分析 CNTF 下游配体-受体轴
- AI Agent：CellAgent 类自动化流程 + 人工专家复核（BioMysteryBench 验收关键结论）
输入：sc/snRNA-seq FASTQ 或 count matrix；实验分组信息（损伤/对照/干预）
输出：交互式 HTML 报告、可投稿级 Figure、方法学 SOP、原始代码仓库（可审计）
样本量建议：每条件 ≥3 生物学重复；最低可行 pilot 为 2 条件×3 重复
WP-B · 枸杞糖肽（LbGP）抗抑郁与神经保护的组学机制延伸
科学基础（已发表）：
- 动物：LbGP 5 mg/kg 减轻外侧缰核异常神经元活动与小胶质激活（NRR, 2021; PMID: 32985485）
- 临床：29 例青少年阈下抑郁 RCT，6 周 LBP 300 mg/d 降低 IL-17A，网络分析显示炎症因子关联减弱（NRR, 2024; n=24 完成随访）
- 院士团队与任超然教授合作揭示 LHb 机制；Nature 专题报道（2021）
本项目延伸（我方贡献）：
- 整合 RCT 细胞因子数据 + 可获取转录组，构建「LbGP→IL-17A→LHb 微环路」多组学证据链
- 探索视神经保护 vs 抗抑郁的共享分子模块（契合院士「同一分子多种功能」路线）
- 为功能性食品/药食同源注册准备可重复生物标志物 panel（非替代临床试验）
合规注意：人体数据需伦理批件与脱敏；分析范围在已发表或已授权数据之内
WP-C · CNTF-壳聚糖转化生物信息学
科学基础：Liu et al., Signal Transduct Target Ther 2023, 8:81 — 完全横断视神经大鼠模型，CNTF 缓释 12 周，轴突再生至视交叉、外侧膝状体突触重建、视觉行为部分恢复。
交付范围：
- 跨物种基因模块对标（大鼠↔猕猴↔人 RGC 转录组公开数据）
- 为临床方案提供探索性生物标志物候选清单（CNTF 通路、髓鞘、突触相关）
- 临床前数据整合可视化 Dashboard（供项目组内部决策）
协作方式：与临床牵头方（李晓光/王宁利团队）分工协作；以联合课题或子课题形式纳入，需书面同意数据使用范围。
五、资源、预算与组织 Resources
| 阶段 | 资金渠道 | 预算区间 | 我方投入 |
|---|---|---|---|
| Phase 0 | 自有售前成本 | 3–5 万元 | 方案编制、演示数据、差旅接洽 |
| Phase 1（开放课题） | 教育部重点实验室开放基金（历史额度 8–10 万/项） | 8–10 万元 | 以分析服务换署名；可 subcontract 形式承接测序分析部分 |
| Phase 1（横向） | GHMICR 横向技术服务合同 | 30–60 万元 | WP-A 或 WP-B 完整交付（含 1 轮修订 + 代码交付） |
| Phase 2 | 联合申报国自然/重点研发/广东省联合基金 | 50–200 万元（我方份额） | Bio-Agent 节点 + 多组学深度分析 |
我方团队配置（建议）
- 项目负责人 1：神经科学/多组学背景，对接院士团队 PI
- 生信分析 2：scRNA-seq + 统计遗传学
- AI Agent 工程 1：Pipeline 自动化与可重复性验收
- 临床统计顾问 0.5 FTE：仅 WP-C 介入时使用
对方需配合
- 样本元数据与分组表（标准化 CSV）
- 测序数据或授权访问
- 联合署名与致谢规范（重点实验室英文署名格式）
- 开放课题/横向合同行政流程对接人
六、风险登记与缓释 Risk Register
R1 学术对接周期长 — 院士日程紧。缓释：先对接视觉团队青年教师/科研秘书；用开放课题作为正式通道。
R2 临床数据不可得 — CNTF I 期数据归属多中心。缓释：Phase 1 不做临床；WP-C 仅用临床前数据与公开组学。
R3 院内已有生信人员 — 可能视为竞争。缓释：强调 AI Agent 自动化、交付速度、可重复性验收，做「增量」而非「替代」。
R4 开放课题额度有限 — 8–10 万难以覆盖深度单细胞。缓释：开放课题做 pilot + 横向合同做完整交付。
R5 枸杞研究涉及宁夏区域利益 — 中宁院士工作站有地方合作方。缓释：以 GHMICR 广州数据为主；宁夏方面作为 Phase 2 拓展。
R6 分析结论可重复性 — 神经科学界重实证。缓释：所有结论经经典统计验证；AI 用于效率与可重复性，分析代码全量交付可审计。
七、接洽路径与 30 天行动清单 Next Actions
建议接洽顺序
- 暨南大学粤港澳中枢神经再生研究院 — 科研合作/开放课题（020-85223563；广州市天河区黄埔大道西601号）
- 视觉系统损伤修复研究团队 PI — 携 WP-A 技术方案一对一交流
- 任超然教授团队（外侧缰核方向） — 若推进 WP-B，苏院士已有合作基础
- 首都医科大学李晓光团队 — WP-C 临床桥接（二级路径，需院士引荐）
- 中宁枸杞（天仁）院士工作站 — WP-B 产业延伸（三级路径）
未来 30 天行动清单（内部）
| 序号 | 行动 | 负责人 | 完成标志 |
|---|---|---|---|
| 1 | 用公开视网膜 scRNA-seq 数据跑通 WP-A 演示报告 | 生信 | PDF/HTML 样例 |
| 2 | 整理 LbGP 已发表数据清单（PMID + 可获取性） | 项目 | 数据矩阵表 |
| 3 | 撰写 2 页合作提案（含 WP-A/B 摘要） | 项目 | 中英双语版 |
| 4 | 致电/邮件 GHMICR 咨询 2025 开放课题批次 | 商务 | 获得申报窗口信息 |
| 5 | 准备横向服务合同模板（分析交付范围、IP、署名） | 法务+项目 | 合同草案 |
| 6 | 定稿对外合作提案与交付标准文档 | 全体 | 终版 PDF |
八、关键文献与信息源 References
- Liu X, et al. Regeneration and functional recovery of the completely transected optic nerve in adult rats by CNTF-chitosan. Signal Transduct Target Ther. 2023;8:81. doi:10.1038/s41392-022-01289-0
- Li X, et al. Effects of Lycium barbarum polysaccharide on cytokines in adolescents with subthreshold depression. Neural Regen Res. 2024;19(9):2036-2040.
- Yang Y, et al. LbGP preventative treatment ameliorates aversive stimuli-induced depression. Neural Regen Res. 2021. PMID: 32985485
- ClinicalTrials.gov NCT04124276 — LBP in major depressive disorder (6-week RCT design)
- GHMICR 研究院简介（2025年5月更新）— ghmicr.jnu.edu.cn
- 中枢神经再生教育部重点实验室 2024 年度开放课题申报通知 — 四大方向含「非药物干预与脑功能康复」
- 暨南大学官微《科研报国！暨南的他是中国神经科学的「拓荒者」！》— 微信原文